Głównym organizatorem jest od kilku lat Biuro Hydrograficzne Marynarki Wojennej, będące państwową służbą w zakresie hydrografii i kartografii morskiej. Światowy Dzień Hydrografii został ustanowiony przez ONZ w 2003 roku.
Elementami krajowych obchodów będą: konferencja hydrograficzna oraz wystawa POLHYDROMOR’2012 prezentująca dorobek i osiągnięcia instytucji oraz firm. Przy Wałach Chrobrego w Szczecinie będą stacjonowały jednostki hydrograficzne, które zostaną udostępnione do zwiedzania.
Współorganizatorami imprezy są: Urząd Morski w Szczecinie, Urząd Miasta Szczecin oraz Stowarzyszenie Hydrografów Morskich RP.